1909年（宣统元年），授予钦差大臣，调任东北三省总督。东三省自日俄战征结束，俄占北边，日踞南境，局势一天天危急。锡良到任后，即上疏陈说道：“东三省逼近京畿，关系大局。辽东租借条约，十三年即满期，请朝廷主持，上下一心，以天下的财力全力以赴，以赎回辽东半岛，归还大清王朝，否则枝枝节节为之，恐怕没有什么效果。”奏折到了朝廷，皇帝不去理会。锡良又以东三省由两邻国分别占据，不修大支干路，不足以贯串脉络，因而打算修锦州至瑷珲铁路。想到须横贯南满、东清，必非日、俄所愿，尤其是不借助强国外款，不能平衡各方势力而实现我们的计划。正赶上美国财团代表游历来奉，遂与密订借款包修草约。三日议定，迅速奏请降旨速正式签定条约，即使日、俄再争，已落在后面了。但是各部商议受阻，加上机要之事不再保密，事情最终无果而终。等到日俄协约，东北之事更加危急。锡良认为救亡兴政，没钱什么事都很难办，再请向商贾借款2000万两，以千万设立银行；其余，一半用来移民兴垦，一半用来开矿筑路。皇帝仍不醒悟。锡良考虑到东三省危急的情形，朝廷还未深入了解，于是请求入觐面陈。

当时醇亲王监国摄攻，筹备改制立宪，朝廷正商议加强中央集权。锡良先是上奏请求实行宪法，逐一陈说道：“立宪精神，在于无论贵贱上下必须全部受治于法律，先要去除其自私自利之心。若敷衍掊克，似是而非，财力凋敝，人心涣漓，九年立宪，最终恐怕成为波斯的延续。”又认为近年重臣亲贵出洋考察，只是表面敷衍了解，被外国人轻视，上奏请求停止派出官员考察，并谨慎选择亲贵实行留学。再上疏劝谏中央集权，认为：“朝廷分别把权力交给督抚，就像督抚分别把权力交给州县，没有州县则督抚不能治理一省。如必欲以数部臣之心思才力，统治二十二行省，则疆吏都成为多余，风气所趋，军民解体。假设有什么大的变故，中央既耳目不及，外省则呼应不灵，实在会造成大的祸患呀。”都没被答复。到了这个时候，他入京面陈监国，话语更加切直，但还是像以前一样没人明白。向皇帝请示，又没有答应。

朝鲜被日本吞并后，锡良认为局势危急，欲稳固民心，必先让老百姓富裕起来，应当以防匪为名，设立清乡局，筹备预备巡警，以兵法管理，实际上就是民兵。东北人虑患思痛，争先应募，满一年即招募了数万人，全省皆兵。没有多久，边防鼠疫大作，鼠疫起于俄境，沿东清铁路，到处传染，没过10天，蔓延了奉、吉、黑三省。俄、日群思干涉，锡良认为防疫纯属内政，严起防治，三月而鼠疫消失。11国医士来东北考察，在省署开万国鼠疫研究会，锡良主持会议，人们都站起来赞颂他。

锡良督办东北，严肃吏治，整肃军制，清理财政，整顿监务，筹办八旗的生活用度，很有成绩。只是目睹内忧外患日危一日，想到自己为东北尽心谋划，既大多没有如愿，而朝政一天天败坏，民心日去，又无以挽救，多次称病乞求罢官。1911年 (宣统三年)，才允许他解任调理。

武昌起义，皇帝召他入觐，朝廷本来商议让锡良赴山、陕督师，并请独自统领一军卫京畿。但是有人忌恨他，就改任授热河都统，极力让他赶快赴任。逊位诏下，因病势难支，请求罢官，皇帝答应了他。卧病六年，坚持拒绝用药，66岁病故，谥号文诚。

本文摘自《察哈尔史》